El DIF Municipal cuenta con una Presidencia, cargo nombrado y removido directamente por el Presidente Municipal. Brinda atención pública atendiendo las demandas de la ciudadanía y orientándolas hacia las áreas que cubran las necesidades de las mismas. Sus funciones son determinantes en el sentido en que establece y mantiene los canales de comunicación con las autoridades estatales y municipales y grupos sociales con la finalidad de atender las demandas de la ciudadanía; promueve ante instituciones gubernamentales y no gubernamentales los apoyos necesarios para la población más vulnerable.

La Dirección General, cuenta con todas las facultades para representar  al Organismo para actos de administración, pleitos y cobranzas y en todas aquellas que requieran poder o cláusula especial conforme a la Ley ante toda clase de autoridad administrativa y jurídica en forma enunciativa y no limitativa en materia penal, civil o laboral, formula querellas y denuncias y otorga el perdón extintivo de la acción penal, también promueve y puede desistir a juicio de amparo en beneficio del DIF Municipal. Tiene la responsabilidad de planear, programar, organizar dirigir, controlar y evaluar el desarrollo de los programas, así como el desempeño de las áreas administrativas, también vigila las gestiones que se hacen en el área de Trabajo Social de acuerdo con los estudios socioeconómicos realizados, a la población más vulnerable para la entrega de apoyos. 

El Comisario del Órgano de Vigilancia, vela que el manejo y la aplicación de los recursos se efectúen de conformidad con las disposiciones legales aplicables, audita y vigila a las áreas administrativas de tal modo que el funcionamiento del DIF Municipal cumpla con las funciones correspondientes al área. Es promovido por la Junta directiva y designado por la Contraloría Municipal. Como Órgano Interno de Control lleva a cabo las diligencias necesarias para que las metas y objetivos se cumplan en tiempo y forma y del modo adecuado según la legalidad que sea aplicable en cada una de las áreas administrativas.

El DIF Municipal cuenta con una Tesorería y Finanzas, misma que tiene bajo su responsabilidad el cuidado y manejo del recurso económico, de acuerdo a las leyes y normas federales, estatales y municipales correspondientes. Vigila y administra el presupuesto asignado al DIF Municipal, así como las cuotas de recuperación de las áreas administrativas que brindan atención directa al público y demás actividades financieras del Organismo. Hace el pago de nómina, tiene bajo su responsabilidad el resguardo de bienes muebles, inmuebles y del recurso humano.

La Secretaría Ejecutiva, se encarga de auxiliar a la Junta Directiva y la Presidencia en las encomiendas administrativas y operativas, así como coordinar los eventos públicos y sociales; tiene bajo su resguardo los vehículos con los que cuenta el DIF Municipal y su operatividad. De igual manera la Secretaría Ejecutiva vigila y atiende los asuntos relacionados con la protección de los Derechos Humanos y el acervo archivístico de este Sistema; además de tener actualizadas las redes sociales y cuentas oficiales digitales del Sistema DIF, debiendo dar difusión a los programas, proyectos, campañas y demás actividades del Sistema DIF Temixco. 

El Sistema Municipal DIF Temixco, cuenta con la Dirección de la Unidad de Transparencia, a través de la cual se atienden las solicitudes de la ciudadanía en materia de información pública, así mismo, es la encargada de coordinar que las unidades administrativa que integran este organismo público descentralizado cumplan con sus obligaciones de subir a la plataforma nacional y estatal de transparencia, la información pública acorde a las fracciones del Artículo 51 de la Ley de Transparencia y Acceso a la Información Pública del Estado de Morelos, mismas que deben estar armonizadas a la tabla de aplicabilidad.

La Procuraduría de la Protección de las Niñas, Niños y Adolescentes, es responsable de hacer las diligencias necesarias para tramitar las órdenes de protección de carácter urgente y temporal, que se requieran para salvaguardar los derechos de quienes padecen violencia familiar o de cualquier otro tipo. Asesorar jurídica y psicológicamente a quienes estén involucrados en alguna situación de violencia o transgresión de sus derechos de familia.

La Dirección Jurídica, del Sistema Municipal para el Desarrollo Integral de la Familia de Temixco, Morelos; cumple dos funciones principales. La primera es coadyuvar con la Dirección General para velar por los intereses y la defensa de los derechos de este Sistema DIF Temixco, ante intereses de terceros dirimidos en controversias legales y jurisdiccionales. La segunda, es fungir como un prestador de servicios legales a usuarios de escasos recursos económicos en estado de vulnerabilidad que soliciten un servicio legal a bajo costo y de calidad. Asesorara a las unidades administrativas del DIF Temixco, en los asuntos laborales, relativos a su personal, incluso en la práctica y levantamiento de constancias y actas Administrativas en esta materia.

La Jefatura de Investigaciones y Auditorías, del Sistema Municipal para el Desarrollo Integral de la Familia de Temixco, Morelos; es la responsable de llevar a cabo las investigaciones ante denuncias en contra de servidores públicos de este organismo público descentralizado y a su vez, formular informe de presunta responsabilidad administrativa o en su defecto auto de no inicio de procedimiento.

La Jefatura de Medicina General y Atención Dental, tiene como objetivo brindar servicio médico a la población más vulnerable, fomentar la salud dental, física y psicológica. Generar campañas en pro de la salud en donde la población temixquense se beneficie.

La Jefatura de Bienestar Social y Atención al Adulto Mayor, tiene como propósito velar por el bienestar de la sociedad, sobre todo a las personas de la tercera edad a través del área de INAPAM con la credencialización y cartas de vinculación, también a quienes presentan alto grado de vulnerabilidad, mismos que reciben atención directa, se les imparten actividades físicas, platicas de motivación, de cuidados y talleres recreativos a través de los cuales se intenta activar su motricidad y motivar anímicamente en donde la población temixquense se beneficie.

La Jefatura de Desarrollo Comunitario y Atención a Grupos Vulnerables, tiene como propósito proporcionar a las familias temixquenses más vulnerables productos básicos para una alimentación adecuada de tal modo que el desarrollo del ciudadano en todos los campos o ámbitos humanos sea eficiente, sano y adecuado en donde la población temixquense se beneficie.

La Jefatura de la Unidad Básica de Rehabilitación, tiene a su cargo la rehabilitación de aquellos que padecen alguna discapacidad o lesión muscular a través de terapias de rehabilitación física u ocupacional, también brinda terapias psicológicas y del lenguaje, con el fin de atender al sector más vulnerable, por la causa que fuese, del municipio en donde la población temixquense se beneficie.